Podzemné mesto sa dalo zvnútra uzavrieť veľkými rolovacími kamennými dverami. Každé poschodie bolo možné uzavrieť samostatne. Mesto mohlo ubytovať až 20 000 ľudí a malo vybavenie, ktoré sa nachádza v iných podzemných komplexoch po celej Kappadokii, ako sú lisy na víno a olej, stajne, pivnice, sklady, refektáre a kaplnky . Jedinečnou súčasťou komplexu Derinkuyu, ktorá sa nachádza na druhom poschodí, je priestranná izba s valenou klenbou. Uvádza sa, že táto miestnosť slúžila ako náboženská škola a izby naľavo boli štúdiá. Medzi treťou a štvrtou úrovňou začína séria vertikálnych schodísk, ktoré vedú ku krížovému kostolu na najnižšej (piatej) úrovni. Zdá sa, že veľká 55-metrová  vetracia šachta bola použitá ako studňa. Šachta poskytovala vodu dedinčanom hore a ak vonkajší svet nebol prístupný, aj tým, ktorí sa skrývali.